Doedes werd in 1859 toen hij aan de Utrechtse universiteit tot hoogleraar werd benoemd, belast met de exegese van het nieuwe testament, hermeneutiek, encyclopedie, natuurlijke theologie en de geschiedenis van de godsdiensten. Doedes vervulde zijn professoraat een kleine dertig jaar lang, een periode waarin hij zich vooral als nieuwtestamenticus onderscheidde, de nadruk leggend op de historische feitelijkheid van het evangelie. In zijn opvatting dat de grond van het geloof in het weten lag toonde Doedes zich een rationalist.